La société (SPML) est dirigée par un Conseil International de Direction (C.I.D.) et par un Bureau Permanent International.

La section française de la SPML est dirigée par un Conseil d'Administration (C.A.) et animée par un Bureau
 
Le Conseil International de Direction (CID) comporte 7 membres de chacun des pays fondateurs (E,F,I) élus pour 4 ans lors de l'Assemblée Générale Nationale. Les Présidents honoraires sont membres de droit surnuméraires. [voir la liste]

Le C.I.D. intervient dans les modifications des statuts et donne son aval sur la présentation du prochain Congrès International.

 

Le Bureau Permanent International qui assure la continuité du fonctionnement de la SPML est formé d'un Président, d'un Vice-Président et d'un Secrétaire Général, élus parmi les membres du CID, de façon à ce que chaque pays soit représenté.
Tous les deux ans, un avancement hiérarchique permet l'arrivée d'un nouveau membre, tandis que le Président sortant accède à l'honorariat.
La composition actuelle du Bureau Permanent International comporte un Président (espagnol), un Vice-Président (français) et un Secrétaire Général (italien).
 
Conseil de Direction International
Bureau Permanent
     
Président Professeur Eugenio SELLES FLORES Espagne
Vice-Président Professeur Jean-Pierre REYNIER France
Secrétaire général Professeur Gabriella MAZZANTI Italie
 
La liste des membres du Bureau International rappelle toutes les personnalités qui ont assuré la vie de la société depuis sa création [voir la liste]
 
Conseil d'Administration National [voir la liste]
Il est composé de 17 membre tous pharmaciens français.
Ils sont élus parmi les membres de la SPML et, à leur tour, élisent le Bureau de la Société.
 
Le Bureau national [voir la liste]
Il est l'émanation du C.A. national et comporte 6 membres. Il assure le fonctionnement de la société et intervient notamment dans la préparation des Rencontres Nationales et du Congrès International lorsque celui-ci est accueilli dans son pays.
 
La Lettre qui est envoyée plusieurs fois par an aux membres de la société pour leur donner des nouvelles des activités du Bureau et aussi de l'avancement de la préparation des Congrès Internationaux et des Rencontres Nationales, assure un lien au sein de la société.